无尘车间应在除菌过滤前对待过滤药液的带菌量进行测定，配料或药液的配置应严加控制，以防止药液在除菌过滤前可能出现的微生物污染程度的增加。净化车间药液通过除菌过滤，能够明显地降低配料溶液中的杂质和微生物的浓度，并且可以维持生产流程管道系统的无菌。当无菌生产过程中的液体产品经过证明可以过滤除菌时，应采取针对产品的特有的除菌过滤方法，应证实除菌过滤和产品配方的兼容性，应确定过滤器滤材与药液的相容性，并考虑其最差的操作条件影响。
净化车间最终灭菌的无菌产品也可能需要特有的除菌过滤，在最终灭菌前，有充足的理由进行有效的生物负载控制，产品需不需要除菌过滤，必须以产品和生产过程特有的基础数据来进行有效的评估。
发现无尘车间在大规模生产条件下进行过滤操作时，可将容器和相连接的管道系统进行清洁和灭菌，而较小规模操作时，药液容器和过滤组件都可以进行适当的人工清洁和清洗，然后对其进行高压灭菌和消毒，并在100级单向流洁净空气的保护下，小心进行无菌组装。除菌过滤用的滤膜是否完整，以及滤膜在容器之间的安装可靠与否，应通过过滤器的完整性实验方法证明。
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